Estes defeitos acontecem muito cedo no desenvolvimento fetal. O tecido que se tornará o lábio geralmente estará formado com cerca de 5-6 semanas após a concepção. A formação do palato ocorre com cerca de 7 a 8 semanas.

Muitas pesquisas estão sendo realizadas sobre as causas e fatores que podem provocar a fissura. Atualmente, verifica-se que existem vários fatores que podem levar à presença da fissura: interação de fatores ambientais e genéticos, o que caracteriza uma doença multifatorial.

Os fatores ambientais que estão sendo estudados que podem aumentar o risco são: drogas (incluindo vários medicamentos), tabagismo materno, infecções, uso de álcool materno e deficiência de vitamina B ácido fólico.

Certos genes ou mutações genéticas podem causar a fissura orofacial isolada ou associada a outros defeitos (casos sindrômicos). Há também cerca de 400 síndromes em que os bebês têm algum tipo de fissura orofacial, juntamente com uma grande variedade de outros defeitos congênitos. Por isso, todos os bebês com fissura orofacial devem ser cuidadosamente examinados logo após o nascimento para diagnosticar ou excluir outros defeitos congênitos.

O risco de recorrência da fissura orofacial é baseado no tipo de fissura e na história familial. A chance de acontecer novamente é maior, quanto mais casos existirem na família. Por exemplo, quando existe apenas 1 dos filhos casal com fissura labiopalatal e nenhum outro caso na família o risco do casal ter outro filho com fissura é de 4% (96% de chance de não acontecer a fissura). Se o casal tiver 2 filhos com fissura o risco é de cerca de 12%.

É importante lembrar que o risco nunca é exatamente zero para nenhum casal. Para cálculo do risco deve-se solicitar uma consulta com geneticista.

Ainda pouco se sabe sobre formas de prevenção de fissuras orofaciais. No entanto, alguns estudos sugerem que tomar multivitaminas contendo ácido fólico antes da concepção e durante os primeiros meses da gravidez pode ajudar a prevenir as fissuras.